Гражданская ассамблея имеет двухуровневую структуру, на первом уровне которой находятся общественные палаты, сформированные общественными объединениями края. На втором уровне находится формируемый общественными палатами и Губернатором края (по согласованию с Законодательным Собранием края) Совет ассамблеи.
В общественные палаты входят представители региональных общественных объединений и региональных отделений, межрегиональных, общероссийских и международных общественных объединений (по одному представителю от каждого объединения), уполномоченными данными объединениями (члены общественных палат).
Совет Гражданской ассамблеи формируется из числа членов общественных палат, а также из представителей общественности, определенных Губернатором края по согласованию с Законодательным Собранием края. Количество членов ассамблеи зависит от численности общественных палат, входящих в Гражданскую ассамблею, но не может превышать 40 человек. В настоящее время в состав Совета входит 20 чел. – от общественных палат края, 14 чел. – по представлению губернатора).
Деятельность Гражданской ассамблеи осуществляет аппарат Гражданской ассамблеи. Руководитель аппарата назначается на должность Губернатором края по согласованию с Законодательным Собранием по представлению Совета ассамблеи и имеет статус секретаря Совета.
